از آثار تاریخى بعد از ورود اسلام به ایران بوده که در قرن چهارم هجرى بناگذارى شده و در دوره هاى سلجوقیان، آل مظفر و شاه عباس اول بر ابعاد ان افزوده شده است، در جاى جاى مسجد، غیر از سبک هاى مختلف معمارى، انواع خطوط و نظم و نثر قابل مشاهده است.
این مسجد مجموعه‌ای از ساختمان‌ها و آثار هنری دوره‌های بعد از اسلام در ایران‌است. بخش‌های جالب توجه این مسجد عبارتند از:
صفه‌های کوچک سمت راست دالان و رودی همراه با ستون‌های مدور و گچ بری‌های زیبا که از آثار دوره دیلمی در قرن چهارم هجری قمری است – گنبد خواجه نظام الملک، وزیر ملکشاه سلجوقی که در سال‌های 465 تا 485 ه. ق ساخته شده است.
چهل‌ستون ضلع غربی این گنبد در دوره شاه عباس اول به ساختمان‌های مسجد افزوده شده است – چهل ستون که در سمت چپ دالان ورودی واقع شده، از آثار دوره پادشاهان آل مظفر است – ساختمان ایوان جنوبی مسجد از قرن ششم و تزئینات داخل و خارج آن از قرن هشتم، نهم، دهم و یازدهم‌هجری قمری است. دو مناره این ایوان در عهد حسن بیک ترکمان افزوده شده و بانی تعمیرات و الحاقات این‌مسجد «ابونصر حسن عبادر» است – تزئینات کاشی کاری اطراف صحن که از آثار دوره حسن بیک ترکمان است – ایوان شرقی مسجد باگچ بری‌های زیبا از آثار دوره سلجوقی است – صفه عمر در شرق این ایوان در دوره قطب الدین محمود، شاه آل مظفر، به وسیله «مرتضی بن الحسن العباسی‌الزینبی» ساخته شده است – ایوان غربی مسجد با تزئینات کاشی کاری از آثار قرن ششم هجری است که در دوره شاه سلطان حسین صفوی‌تعمیر و دوباره تزئین شده است – ایوان شمالی مسجد، معروف به صفه درویش از قرن ششم و کتیبه گچ بری داخل آن از دوره شاه سلیمان‌صفوی است. چهل ستون‌های شمال و شرقی آن از قسمت‌های جالب و دیدنی این بنای عظیم تاریخی بشمارمی‌رود – اثر تاریخی مسجد جمعه، گنبد تاج الملک است که بانی آن «ابوالغنائم تاج الملک خسرو فیروز شیرازی» یکی از وزیران ملکشاه سلجوقی است که در سال 481 ه.ق ساخته شده است – ساختمان حوض وسط مسجد نیز در زمان سلطنت شاه محمد خدابنده صفوی، به وسیله «یوسف آقا» بنا شده است.
این بنا با عظمت خاموش و جدى و اسرار آمیزش یکى از زیباترین آثار معمارى جهان است در اینجا تذکر چند نکته لازم است:
1- بعضى از بازدیدکنندگان ابنیه تاریخى اصفهان تصور کردهاند که دو گنبد شمالى و جنوبى مسجد جمعه در اصل آتشکده بوده و بدیهى است این اشتباه از آنجا ناشى شده که سبک ساختمان گنبدهاى نظام الملک و تاج الملک در جنوب و شمال مسجد جمعه از سبک معابد ایرانى در دوره ساسانیان اقتباس شده است.
در قرون اولیه اسلامى که ایرانیان تدریجاً به دین اسلام گرویدند به فکر ساختن مساجد باشکوه افتادند وچون قرنها در ساختن ابنیه و عمارات مختلف سابقه داشتند مساجد را به سبک معمارى اصیل ایران ساختند و تزیین کردند، به این جهت از نظر سبک مشابهت زیاد بین مساجد اولیه و معابد دوره ساسانى موجود است و هین کیفیت در نظر اول تولید اشتباه مىنماید. کتیبه هاى داخل این گنبدها شامل آیات قرآنى و کتیبه هاى ساختمانى به نام پادشاهان و وزراى وقت است.
2- در آثار تاریخى موجود مسجد جمعه اصفهان غیر از سبک هاى مختلف معمارى انواع خطوط کوفى و ثلث و بنایى و نستعلیق راهم مىتوان مطالعه نمود.
3- مسجد جمعه درهاى متعدد دارد ولى از همه آنها جالب تر در شمال شرقى مسجد و قدیمیترین سردر مسجد مورخ به سال 515 هجرى است و کتیبه کوفى سردر که خوشبختانه قسمت بیشتر آن باقى مانده است از تعمیرات مسجد پس از حریقى که به وسیله اسماعیلیه در آن صورت گرفته است حکایت مى کند وبعد سردر باشکوه دیگرى است که در جنب گنبد تاج الملک واقع شده و از الحاقات دوره محمود شاه آل مظفر و مورخ به سال 768 هجرى است.